Η ορθοδοντική θεραπεία, ειδικά με σταθερά σιδεράκια, απαιτεί πιο προσεκτική και συστηματική στοματική υγιεινή, καθώς οι τροφές και η πλάκα συσσωρεύονται πιο εύκολα γύρω από τα σιδεράκια και τα σύρματα. Αυτό σημαίνει ότι το βούρτσισμα πρέπει να γίνεται πιο σχολαστικά, με ειδικές οδοντόβουρτσες (όπως ορθοδοντικές ή μεσοδόντιες) και βοηθητικά εργαλεία, όπως νήμα με οδηγό ή νήμα νερού. Οι ασθενείς καλούνται να βουρτσίζουν τουλάχιστον δύο φορές την ημέρα – και ιδανικά και μετά τα γεύματα – για να αποφευχθούν τερηδόνες, ουλίτιδα ή μόνιμα σημάδια στα δόντια. Επιπλέον, οι τακτικοί επαγγελματικοί καθαρισμοί από τον οδοντίατρο είναι απαραίτητοι καθ' όλη τη διάρκεια της θεραπείας. Η σωστή υγιεινή δεν προστατεύει μόνο τα δόντια αλλά συμβάλλει και στην επιτυχία της ορθοδοντικής, καθώς το υγιές στόμα «ανταποκρίνεται» καλύτερα στη μετακίνηση των δοντιών.
